据调查，CRM实施过程中，组织挑战带来的阻力，已经成为关注的焦点。
内部组织方面的挑战
CRM解决方案在选定、建设和实施工作中需要涉及大量人员。这就会带来两大组织性问题：怎样明确各项任务的负责人;如何改变这么多人的行为方式。
应用方案各方面的责任分属不同部门，常常很难集中整个企业的力量，协调一致地投入合适的人员，扫除瓶颈并做出有效的决策。CRM涉及到众多相关利益方，会增大管理、销售和业务分析人员行为变革的难度。销售人员和管理者的掣肘很容易理解。前者很自然地会认为信息是单向流动的，得到好处的只是公司和企业而非自身。与之相反，管理者一般都会意识到CRM系统成功所能带来的潜在效益，却会担心短期业绩在CRM实施期间受到影响，从而殃及自身，也就不会全身心投入到系统实施或是修改一线员工评估标准上。
解决一线问题的方案
克服企业组织上的“路障”，不能用高压手段，而要用巧劲。
建立“发出——接收”机制
一种看似简单但却十分有效的系统性机制会有助于企业克服困扰CRM工作的责任落实问题：在企业组织内部建立起模仿市场的机制，各方依次扮演买方和卖方的角色，或者说在这种场合下称为“发出方”(即提交解决方案)和“接受方”(实施所提交的解决方案)。
发出方的作用在于界定符合业务需求目标的解决方案，估计方案实施需要的工作量大小，然后交付方案。接收方提出业务需求和可用性需求，然后和内部用户沟通新系统能够实现的目标、产生的影响，评估分析最终用户需要进行什么样的行为培训，从哪些方面改变行为习惯才能充分发挥系统效益，并执行发出方所制定的系统培训计划。如果新系统需要在一线应用新技术，接收方还要准备对软件进行本地化定制，并确保数据可以迁移到新系统。所有这一切都需要成本，接收方和发出方一样，都要在做事前估计工作需要多少资金。由于双方责任彼此交错，发出新功能的一方将认识到，系统项目的成败在于该功能对接收方的有用性，而对有用性最有发言权的莫过于负责本地实施上线工作的接收方人员。这样双方都会非常积极地协调彼此工作。
企业高管的有所作为
首先，只有CEO和业务单元领导(或他们的主管副手)才有权建立跨职能的“发出——接收”机制。其次，CRM工作组也需要有人为其摇旗呐喊，并指明前进的道路与方向。企业高层在这方面是最能发挥作用的。
提高CRM的可信度
即使是发出方和接收方作为团队的工作结束后，他们也应该继续说服内部用户，赢得其认可。可以让业绩优良、具有号召力的销售人员最先试用，他们的成功使用会为CRM赢得信誉，促进其在更大范围内的普及。激励也是一种很重要的强化措施。效果最好的CRM项目都会采取详细的“仪表盘”式的管理，以跟踪各种具体指标的变化，如销售收入、销售线索转化率、系统使用率、客户和用户满意度以及销售利润率等的变化。反映CRM价值创造情况的仪表盘指标，将汇总形成供企业管理者使用的高层面动态汇报。各地间横向比较很重要，通过比较可以促进最佳做法的交流与推广，调整对特定地区、特定人员的具体目标值和奖励额。
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